Евреи появились в Грузии в далеком прошлом. Некоторые исследователи полагают, что они переселились туда после разрушения первого храма в Палестине (VI в. до н.э.). Согласно другому мнению, это произошло в 60-х годах II века н.э. (169 г.), когда евреи основали в Мцхете свою первую колонию. Последнее предположение было подтверждено уже в наше время, когда в результате раскопок были обнаружены памятники с надгробными надписями, выполненными на арамейском языке еврейским квадратным письмом. Значительно позднее надписи появляются и на еврейском языке. С этого времени на территории Грузии формируется самобытная еврейская община, с присущим ей особым укладом жизни и четко выраженной национально-этнической самоидентификацией.
Евреи стали селиться в Кутаиси в начале 19 в. В основном это были купцы и ремесленники, сыгравшие большую роль в оживлении экономической жизни после вхождения западной Грузии в Россию (Кутаиси включен в состав империи в 1810 г.). В 1835 г. в Кутаиси по официальным данным проживало 548 евреев, в Кутаисском округе — 815 евреев и 113 караимов.
Рост численности еврейского населения Кутаиси произошел после отмены в Грузии крепостного права в 1864–71 гг. Грузинские евреи, бывшие крепостные ремесленники и крестьяне, стали переселяться в города. В 1871 г. в Кутаисской губернии были зарегистрированы 4702 еврея. В Кутаиси сформировалась третья по численности еврейская община в Грузии. По данным переписи 1897 г., в Кутаиси проживало 4843 еврея, а всего в Кутаисской губернии — 8864 еврея и 46 караимов. В отличие от Тбилиси и Батуми, где большинство еврейского населения составляли ашкеназы, кутаисская община состояла в основном из грузинских евреев. Основные занятия еврейского населения Кутаиси во 2-й половине 19 в. – начале 20 в. — торговля вразнос и ремесла; было некоторое число богатых купцов.
Переселение в город большого числа евреев, занимавшихся в основном мелкой торговлей, привело к резкому усилению антисемитизма в Грузии, особенно в Кутаисской губернии. Против евреев начали выдвигать обвинения в ритуальных убийствах (см. Кровавый навет). Самым известным из них было обвинение девяти евреев из местечка Сачхери в убийстве с ритуальными целями девятилетней христианской девочки Сарры Модебадзе 4 апреля 1878 г. — так называемое Кутаисское дело. В марте 1879 г. перед Кутаисским окружным судом предстало девять евреев, обвиняемых в убийстве девочки. Подсудимых защищали адвокаты Л. Куперник (1845–1905) и П. Александров. Защитники показали абсурдность обвинения евреев в употреблении крови в ритуальных целях. 13 марта суд вынес оправдательный приговор всем обвиняемым, но преследования евреев в Кутаиси продолжались. В 1895 г. в Кутаиси произошел погром. В 1913 г. банда под руководством помощника губернатора систематически занималась вымогательством денег у евреев, несколько человек из отказавшихся платить были убиты.
В середине 1890-х гг. в Кутаиси функционировали две синагоги. В 1902–21 гг. главным раввином Кутаиси и западной Грузии был Р. Элуашвили (1858–1922).
С конца 1890-х гг. в Грузии стали распространяться идеи сионизма — сначала среди ашкеназов, а позже и среди грузинских евреев. Противников сионизма среди грузинских евреев, действовавших в основном в Кутаиси, возглавлял Р. Элуашвили. С 1880 г. в Кутаиси функционировала талмуд-тора. В 1903 г. было открыто еврейское общественное училище, в котором изучали светские предметы. Дети из еврейских семей поступали и в общеобразовательные школы; так, в 1908 г. в учебных заведениях Кутаисской губернии обучалось 328, а в 1911 г. — 614 еврейских учащихся.
После Февральской революции 1917 г. в Кутаиси произошло заметное оживление еврейской жизни. Функционировало отделение партии Це‘ирей Цион, в 1918–19 гг. раз в две недели выходила газета «Хма эбраэлиса» на грузинском языке под редакцией Ш. Цициашвили (?–1926). Многие евреи Кутаиси были настроены антисионистски. В городе была небольшая группа ассимиляторов во главе с братьями И. и М. Хананашвили, пользовавшаяся поддержкой социал-демократов (меньшевиков), сформировавших коалиционное правительство Грузии. Члены группы утверждали, что с этнической точки зрения евреи — это те же грузины, отличающиеся от остального населения только религией. Они опубликовали статью в грузинской прессе против «козней» евреев России, которые хотят ассимилировать часть грузинского населения, исповедующую Моисеев закон. В борьбе против сионизма группу ассимиляторов поддерживали ортодоксальные круги. Это были единственные объединения евреев, не принявшие участия во Всееврейском конгрессе в Тбилиси в 1918 г. Антисионисты провели в Кутаиси свое собрание, на котором выдвинули кандидатов в депутаты грузинского парламента: раввина И. Даварашвили (1893–1980) и А. Буриашвили. После оккупации Грузии Красной армией многие евреи покинули страну. Среди них было много жителей Кутаиси, в том числе и Р. Элуашвили.
В 1920-х гг. основным занятием еврейского населения Кутаиси оставались торговля и ремесла. До антибольшевистского, так называемого паритетного восстания 1924 г. власти не преследовали иудаизм и не препятствовали сионистской деятельности. После подавления восстания положение изменилось. Лиц, заподозренных в сионистской активности, немедленно арестовывали. Раввины также подвергались преследованиям, некоторые синагоги были закрыты.
С начала 1920-х до середины 1930-х гг. власти уделяли внимание подъему образовательного и культурного уровня грузинских евреев. В Кутаиси открывались еврейские школы, клубы, библиотеки, курсы ликвидации неграмотности. Эта кампания носила откровенно пропагандистский характер. С 1927 г. в Кутаиси функционировало отделение грузинского филиала ОЗЕТа — ГрузОЗЕТ, а также Евкомбед Грузии, который занимался привлечением евреев в промышленность и кооперативы. Уже в 1929 г. значительное число евреев Кутаиси работало на местной шелкомотальной фабрике.
В 1937–38 гг. в Кутаиси, как и на всей территории Советского Союза, началась ожесточенная борьба как против иудаизма, так и против светской еврейской культуры. Подвергали арестам раввинов и активных членов еврейской религиозной общины: Я. Даварашвили (1902–86) — раввина Кутаиси в 1927–65 гг.; Н. Элиашвили (1888–1965) — главного раввина Кутаиси в 1955–65 гг., и др.
Во время Второй мировой войны в Кутаиси прибыло много еврейских беженцев, некоторые из них остались в городе после окончания войны, в том числе Б. Гапонов.
Во время антисемитской кампании в Советском Союзе в 1948–53 гг. многие евреи Кутаиси были арестованы. В январе 1953 г. были закрыты все синагоги города. Евреи Кутаиси сыграли выдающуюся роль в борьбе евреев Советского Союза за право на репатриацию в Израиль. Один из первых документов еврейского движения — письмо в Организацию Объединенных Наций 18-ти глав еврейских семей — подписали 13 евреев из Кутаиси.
С конца 1980-х гг., по мере развития в Советском Союзе процессов гласности и перестройки, стала развиваться общинная и культурная жизнь евреев Кутаиси. Эти процессы ускорились после распада Советского Союза и образования республики Грузия в 1991 г. С 1989 г. в Кутаиси функционировало местное отделение Ассоциации по грузино-еврейским отношениям. В 1989–93 гг. на историческом факультете Кутаисского университета Д. Хананашвили вел спецкурс «Вопросы истории грузинских евреев и грузино-еврейских отношений».
В 1969–84 гг. тысячи евреев Кутаиси выехали в Израиль и другие страны. После начала массовой алии из Советского Союза в 1989–2000 гг. из Кутаиси в Израиль переселилось 1945 евреев, в январе–августе 2001 г. — 49 человек. По данным Еврейского агентства в 1993 г. в Кутаиси проживало 2300 человек, имеющих право на репатриацию. К концу 1999 г. в Кутаиси насчитывалось около 600 евреев.